5 ноября 1612 года польский гарнизон Москвы сдал город второму народному ополчению. Не зная о капитуляции своих войск в Москве, шел к Москве Сигизмунд III, но под Волоколамском он был разбит русскими полками.

В январе 1613 г. в столице собрался Земский собор. На нем присутствовали выборные от дворян, духовенства, посадских людей, казаков и, возможно даже, от черносошных крестьян. Участники собора поклялись не разъезжаться, пока не выберут на московский трон царя. Это было очевидной основой для восстановления органов центральной власти и объединения страны. Это было необходимо для окончания гражданской войны и изгнания иностранных захватчиков.

Кандидатура будущего монарха вызвала жаркие споры. Трудно было примирить симпатии бывших сторонников самозванцев с сподвижниками Василия Шуйского или окружением Семибоярщины или людьми Второго ополчения. Все «партии» с подозрением и недоверием смотрели друг на друга.

До освобождения Москвы Дмитрий Пожарский вел переговоры с Швецией о приглашении на русский престол шведского принца. Возможно, это был тактический ход, позволивший  воевать на один фронт. Так же может быть, что руководители Второго ополчения считали шведского принца лучшим кандидатом на престол, рассчитывая с его помощью вернуть России Новгород и получить помощь в борьбе с поляками. Но «царь» Владислав и его отец Сигизмунд III своей антирусской политикой скомпрометировали саму идею приглашения иностранного «нейтрального» королевича. Участники Земского собора отвели кандидатуры иностранных принцев, как и кандидатуру «царевича Ивана», сына Лжедмитрия II и Марины Мнишек.

В цари предлагались Василий Голицын, находившийся тогда в польском плену, сын Филарета Романова, двоюродный племянник царя Федора Иоанновича - Михаил, Дмитрий Трубецкой и даже Дмитрий Пожарский. Наиболее приемлемой кандидатурой оказался Михаил Романов. Сам Михаил на тот момент ничего из себя не представлял. Считали, что это  слабохарактерный и болезненный юноша, воспитанный деспотичной матерью в ссылке в Ипатьевском монастыре под Костромой. Но дело было не в его личных достоинствах или недостатках. Он был сыном Филарета Романова, чей авторитет мог примирить все «партии». Для тушинцев Филарет, бывший тушинским патриархом, был своим. Своим его считали и знатные боярские рода, ведь Филарет происходил из старинного московского боярства, не был «выскочкой» как Годуновы. Патриоты ополчений не забыли героическое поведение Филарета в качестве великого посла к Сигизмунду. Филарет и во время проведения Земского Собора 1613 г. оставался в польской тюрьме. Наконец, духовенство видело в Филарете лучшего кандидата в патриархи. Все это вместе взятое делало сына Филарета приемлемым для всех.

А то, что Михаил Романов неопытен, молод и требует опеки, даже нравилось боярам. «Миша-де Романов молод, разумом еще не дошел и нам будет поваден», - писали они позже Голицыну в Польшу. В итоге в феврале 1613 г. Земский собор утвердил на царство Михаила.

В 1613-1617 гг. началось восстановление центральных и местных органов власти, а также преодоление внутренних и внешних последствий Смуты. По стране еще продолжали кочевать ватаги «воровских казаков». Атаман Заруцкий не смирился с воцарением Михаила Романова. Он мечтал об избрании на московский трон «воренка». Заруцкий и его люди жили откровенным разбоем. В 1614 г. атамана схватили и посадили на кол. В 1615 г. был разгромлен другой казачий предводитель – атаман Баловень. Часть его людей, перешедших на сторону московских властей, записали в служилые люди. Внутреннюю смуту удалось преодолеть.

Оставалась проблема интервентов. В 1615 г. шведы осадили Псков, но не сумели его взять. В 1617 г. в Столбове был заключен российско-шведский мирный договор. Россия вернула себе Новгород. Шведские принцы отказывались от претензий на московскую корону, признавали законным царем России Михаила. Однако Россия по Столбовскому миру целиком утратила выход к Балтийскому морю. Земли у Невы и Финского залива, Корельская волость, города Ям, Орешек, Копорье отходили Швеции. Несмотря на тяжесть условий, Столбовский мир, скорее, был успехом российской дипломатии. Сил на войну со Швецией  не было, особенно в свете постоянной угрозы со стороны Речи Посполитой. Ни Сигизмунд III, ни его сын не признавали московским царем Михаила. Возмужавший «царь Московии» Владислав готовился к походу. В 1618 г. королевич с польско-литовскими полками и отрядами украинских казаков - запорожцев двинулся к Москве. Иноземцы опять стояли у Арбатских ворот столицы. Дмитрию Пожарскому с казаками с  трудом удалось их отогнать от Москвы. Но и силы Владислава были истощены. Надвигалась зима с ее лютыми в России морозами. Недалеко от Троице-Сергиева монастыря в селе Деулине в декабре 1618 г. заключили перемирие. Владислав покидал пределы России и обещал отпустить на родину русских пленных. Но королевич не отказывался от претензий на русский трон. За Речью Посполитой остались Чернигово-Северская земля и Смоленск.

После завершения Смуты страна была истощена. Невозможно сосчитать, сколько людей погибло. Пашни зарастали лесом. Множество владельческих крестьян сбежали или, разорившись, сидели бобылями, не имевшими своего хозяйства и кормящимися случайной работой и милостью господина. Служилый человек беднел. Пустая казна не в силах была серьезно ему помочь. Обеднел и черносошный крестьянин, его грабили в Смуту и свои, и чужие. После 1613 г. на него, как, впрочем, и на любого тяглеца (налогоплательщика), давил налоговый гнет. Даже монастырское хозяйство, образец рачительности, и то находилось в затруднении. Ремесло и торговля пришли в совершенный упадок.

Понадобился не один десяток лет для преодоления последствий Смуты.